Nakon što je vjekovima bio nepomičan, kamen koji otvara ulaz u Derinkuju konačno je pomjeren 1963. godine.
Grad je otkriven kada je jedan od stanovnika turske pokrajine Nevšehir iza zida svoje kuće pronašao misterioznu prostoriju. Istraživanje je otkrilo kompleksnu mrežu tunela i Derinkuju je osvanuo pred očima arheologija.
Ovaj turski grad, koji se smatra pravim inženjerskim poduhvatom, pruža se do čak 60 metara ispod zemlje i dovoljno je veliki da u njemu može da živi čak 20.000 ljudi, i to sa stokom i uz izdvajanje nekih prostorija isključivo za čuvanje hrane. Zbog svih ovih podataka nije ni čudo što je Derinkuju najveći podzemni grad u Nevšehiru, regiji koja je poznata kao mesto koje ispod tla krije drevne gradove.
Grad je skriven iza velikog kamena koji prekriva ulaz, a i svaki od spratova može se zatvoriti na taj način. Najspecifičnije u ovom gradu svakako je ogromna prostorija na drugom spratu, koja je korišćena u religijske svrhe i obrazovanje. Ovo bi mogao biti prvi grad koji su u Kapadokiji napravili Frigijci, indoevropski narod koji je u osmom i sedmom vijeku gradio slične podzemne gradove u mekoj vulkanskoj stijeni. Stručnjaci smatraju da je Derinkuju potom proširen u doba Vizantije, kada je služio kao skrovište od Arapa. Neki od predmeta pronađenih u njegovim hodnicima datiraju iz perioda između petog i desetog vijeka naše ere.
Grad je nastavio da služi kao sklonište za hrišćane i u XIV vijeku, tokom Tamerlanovih napada na ovaj dio svijeta, ali i za vrijeme otomanske vlasti. Čak je zabilježeno da su i u XX vijeku kapadokijski Grci koristili prostorije Derinkujua. 
